הצוות יוצא לחקור את רצח בנו של כומר מקומי, ומגלה כי כנראה מדובר בפשע שנאה.

לאחר שגופתו של חייל מארינס מתגלה בשדה תירס, הצוות חוקר בבסיס מודיעין הנעזר בילדים גאונים לפצח צפנים צבאיים.

הפסקת חשמל מתחוללת בכל רחבי וושינגטון, ובמהלכה נרצח אחד מעובדי צוות הבידור של הצבא. הצוות יוצא לחקור את העניין.

כאשר רופא נרצח, המפקח ואנס מופיע בזירת הפשע וטוען כי ראה כבר מקרה רצח דומה בעבר.

כאשר סירתו של גיבס מופיעה באופן מסתורי בסן דייגו עם שני אנשים עליה, הצוות יוצא לחקור את העניין.

בערב האלווין, הצוות חוקר את מה שנראה כמו התאבדות של הקצין ג'יימס קורבי, שנמצא מת במכוניתו.

הצוות פוצח בחקירה כאשר שיירי גופתו של החייל הנעדר דניאל קרייר נמצאים בחוף ליד טנזניה.

הצוות חוקר את מותו של הבלוגר הפוליטי מאט ברנס, שנדחף מגשר באופן מסתורי.

בפתיחת העונה השביעית, מספר חודשים חלפו מאז שגיבס השאיר את זיוה בישראל, ואיש מחברי הצוות לא שמע ממנה מאז.

הצוות חוקר מסיבת רווקים בה כל שלושת האורחים נרצחו והושארו במקומות ובמצבים מוזרים במיוחד.

הסוכן ריבקין מת מפצעיו בבית החולים חרף נסיונותיה של זיוה לעזור לו, בעוד דירתה של זיוה נהרסת בהתפוצצות. חברי הצוות נוסעים לישראל בהזמנתו של ראש המוסד, אלי דוד.

לאחר שפריצה למשרדי חיל הנחתים מובילה למותו של סוכן רשויות ההגירה, גיבס וצוותו נאלצים לעבוד יחד עם אנשי משרד ההגירה בנסיון לפתור את המקרה.

עם הגעתו של סוכן המוסד מיכאל ריבקין, טוני נאלץ לחקור את נאמנותה של זיוה ל-אן-סי-איי-אס. בינתיים בלוס אנג'לס, הסוכן המיוחד קיילן עובד במסווה בנסיון ללכוד את חברי תא הטרור הרדום.

בפרק מיוחד המצטלב עם סדרת הספין-אוף "אן-סי-איי-אס: לוס אנג'לס", שני הצוותים נפגשים בלוס אנג'לס במטרה לפענח רצח של חייל מארינס, כאשר הרוצחים שייכים, כנראה, לתא טרור רדום.

כאשר סוכן הסי-איי-איי טרנט קורט מתקשר לבקש טובה, גיבס מסכים לפגוש אותו במחסן נטוש. בהגיעו למקום, גיבס מוצא את הסוכן עם שני גברים מתים – כשהסוכן טוען שהם ירו אחד…

כאשר מדען ממשלתי נעדר, אבבי נקראת בידי ראש הפרוייקט להמשיך את פעילותו, אך חברי הצוות חוששים שמצפה לה גורל דומה.