קארס יוצא מהלבה הרותחת וחותך את זרועו של ג'וזף. ג'וזף מניף את האבן האדומה מעלה מתוך אינסטינקט כדי לקבל את המכה הסופית מקארס.

קארס מתגלה כבלתי מנוצח בזכות האבן האדומה. ג'וזף מתקרב להר געש במטוס כדי להוביל את קארס אל מותו.

ג'וזף מנסה למנוע את נפילתה של ליסה ליסה אל מותה. אחרי התקרית, ספידווגון חושף פרטים על עברה.

ג'וזף מנסה להדוף את המתקפה האחרונה של ואמו בעזרת הבנדנה הבוערת של סיזר. ליסה ליסה מזמינה את קארס לקרב פנים אל פנים בחורבות המקדש.

ג'וזף וואמו פותחים במרוץ כרכרות מסוכן בזירת מרוצים קדומה. ג'וזף מצליח לחטוף את הנשק הראשון, אבל מוצא את עצמו במצב מסוכן.

ליסה ליסה וג'וזף מגיעים למלון ומוצאים את ואמו וקארס, שמחכים להם שם עם מאה מעוזריהם הערפדים. ליסה ליסה הוגה תוכנית מבריקה.

סיזר מגיע למסתור של האויב וזומם מהלך התקפה חדש. ליסה ליסה מספרת לג'וזף על עברו של סיזר.

סטרוהיים מתחיל להילחם בקארס בגוף המכני החדש שלו. ג'וזף וקארס מנסים להשיג את האבן האדומה – ונופלים מצוק.

ג'וזף וסיזר משלבים את כוחות האדווה שלהם למאבק באיש העמוד שהשתלט על גופה של סוזי קיו כדי לגנוב את האבן האדומה של אג'ה.

ליסה ליסה מספרת לג'וזף שהשמדת אנשי העמוד תתאפשר בעזרת אבן חן המכונה "סופר אג'ה". ג'וזף וסיזר נלחמים במאסטרי אדווה אחרים.

סיזר לוקח את ג'וזף לוונציה לפגוש את המנטורית שלו ליסה ליסה, שמתחילה לאמן אותו בקדחתנות כדי שילמד לשלוט בכוחות האדווה שלו.

איש העמוד ואמו פוגע בסיזר זפלי ומשמיד בקלות את משגר הבועות שלו. ג'וזף חושף את טכניקה סודית חדשה שפיתח.

ג'וזף וספידווגון מגיעים לרומא בעקבות איש העמוד השני ופוגשים את סיזר, נכדו של זפלי.

ג'וזף נשאב לתוך גופו של סנטנה ומפעיל את כוח האדווה בניסיון להיחלץ. כשהניסיון נכשל, הוא מחליט לחשוף את סנטנה לאור השמש.

צב המחמד של רפאל ספייק שותה מוטגן והופך למוטנט צב ענק שמכנה עצמו "סלאש". סלאש מציע לרפאל לחבור אליו ולהקים צוות נינג'ות ורפאל מסכים בשמחה מבלי לדעת מהן כוונותיו האמתיות.

הקרנגים וקראיי ממשיכים במרדף אחר אפריל ונעזרים בסוג חדש של רובוט למשימה. אפריל נאלצת להתגבר על משקעיה עם הצבים ולחבור אליהם לקרב מול הרובוטים.

מיכאלאנג'לו משחק עם דגימות פסולות של מוטגן הופכי וחוטף פצעי בגרות מסוכנים שמתרבים בלא שליטה. הצבים הולכים למה שנותר מהטי-סי-אר-איי כדי למצוא צנטריפוגה מוליקולרית שתעזור להם לרפא את מייקי.

דונטלו הופך קנאי מאוד בתלמיד שאפריל חונכת במתמטיקה בשם קייסי ג'ונס ופורק את יגונו לפני טימותי. המשמידן המוטנטי מושפע מכך ולאחר מכן מתחיל לשתות מהמוטגן הניסיוני, מה שמאפשר לו להצמיח…

בעודם מחפשים את המוטגן החסר, הצבים נתקלים בסנאי שסולל את דרכו דרך גרונו של אדם חסר בית. לאחר שהם לוקחים את האדם למאורה לצורכי מחקר, הצבים מזדעזעים לגלות שהיצורים מתרבים…

שרדר יוצא ליפן כדי לטפל בעניין בהול, ומשאיר את קאראיי אחראית על הרגל. היא לוכדת את ליאונרדו וכופה עליו להילחם ברגל בוטים, גרסאות רובוטיות של נינג'ות הרגל, בניסיון למשוך את…

הצבים נחים על זרי הדפנה לאחר שהביסו את אויביהם המושבעים הקראנג ושרדר. במהרה הם מגלים שאויביהם לא נעלמו מן האופק ושהמסיבה נגמרה.

פרק אחרון לעונה. הצבים מגלים שאפריל נחטפה וספלינטר מתמודד מול שרדר. הם יוצאים להשיב את אפריל ולעצור את פלישת הקראנג לכדור הארץ.

הצבים מגלים שהקראנג עומדים להתחיל בשלב הסופי של התוכנית שלהם ויוצאים לנסות לעצור אותם ולהציל את העולם.

אפריל מקבלת מסר סודי מאביה. דוני, שמנסה למצוא חן בעיני אפריל, מפענח את ההודעה ויוצא למשימת יחיד להציל אותו.

הצבים בודקים מה זוממים הקראנג ונתקלים בביצה של יצור מוטנטי שמסבך אותם.

המכסח חוזר ומתברר שהוא עובד עם חיל רגלים. הוא מתנדב להפוך למוטציה כי הוא רוצה להיות כמו הצבים.

קאריי תוקפת את אפריל, אך הצבים לא יכולים להגיע לעזרתה, והיא נאלצת להתמודד מולה לבד.

כשמזימת הפלישה של קראנג מאיימת להשמיד את הצבים ולהעמיד את העולם כולו בסכנה, קאריי מציעה לצבים לכרות איתה ברית. לאחר שמסרבים לעצתה של קאריי, הצבים מחליטים בסופו של דבר שזה…

בעקבות קרב בין הצבים, שבט הרגל והקרנג, בקסטר סטוקמן משכנע את שרדר לאפשר לו להשתמש בתכנית חסינת תקלות. כוונתו האמתית כוללת נקמה בצבים , במכלאת כלבים ובפרצוף-דג על-ידי כך שימשוך…

שעה שהם מנסים לסכל את מזימתם של קרנג לקדוח אל תוך ליבת כדור הארץ, המקק המרגל של דונטלו עובר מוטציה בטעות. כשהצבים מוצאים אותו, הם מגלים שהמקק-גל סימן את רפאל,…

בזמן שהם פורצים לסביבה העוינת של מטה טי-סי-אר-איי לאחר שראש-עור מסר להם את מיקומו, הצבים מגלים את כוונתם האמתית של קראנג: לפתוח את השער לממד איקס ולפתוח בפלישה המונית.

בזמן שהם מוציאים את השריונית לנסיעת מבחן, הצבים פוגשים את המעריץ הראשון שלהם, נער מתבגר מחופש כדי להילחם בפשע, "הכותש". בקסטר סטוקמן מכין זוג רגליים קיברנטיות לפרצוף-דג באמצעות הטכנולוגיה של…

מאסטר שרדר ממשיך בניסיונותיו לחסל את הצבים. אפריל נתקלת באויבת בלתי צפויה, גברת זקנה, וקוראת לצבים לעזרתה. לאונרדו נתקל באויבת/ידידה מן העבר.

צבי הנינג'ה נתקלים באויב חדש, "מלך החולדות", שכשמו כן הוא שולט בכל חולדות העיר ניו-יורק. יחד הם יוצאים להילחם בו ולעזור למאסטר ספלינטר בצרה שאליה נקלע.

צבי הנינג'ה נתקלים באויב חדש, מוטציית צמח. רפאל קורא תיגר על מנהיגותו של לאונרדו. לאונרדו מכיר בחורה חדשה.