הצוות חוקר חייל אויב חדש ובלתי ניתן לעצירה שנשלח ע"י אנוביס. ד"ר ג'קסון מוביל צוות בחיפוש אחר מכשיר חוצני במרכז אמריקה, אבל מקבל יותר ממה שהוא רוצה.

הצוות פוגש צוות של נשות ג'אפה האורבות לגברים בני מינן כדי לקחת מהם את השיתופנים. טיאלק מוצא את עצמו בעימות עם מנהיגתם כאשר הוא מנסה להראות לה כי יש דרך…

פלג'ר יוצר וירוס שמטרתו לחבל בשערים של האויבים, אך מפיל את כל מערכת השערים. קרטר והמדענים במפקדת הסטארגייט חייבים לתקן את מערכת השערים לפני שהאויב ינצל את המצב.

קרטר מצטרפת למכר וותיק, טייס מכוכב אחר, כדי לעזור לו לנצח במירוץ חלל. לאחר שהמירוץ מתחיל, מגלים שאר חברי צוות ס"ג-1 כי המפסידים עלולים להפסיד יותר ממה שהם חושבים.

כאשר קבוצת כורים ממפקדת הסטארגייט נלכדת בידי אונאס, ג'קסון פונה אל צ'אקה. על שניהם מוטלת המשימה הלא קלה של משא ומתן על חיי הכורים והמשך כריית הנאקוודה שבכוכב.

על כוכב לכת אפוף באוויר רעיל, הצוות מגיע לבועה אשר יש בה עולם ומלואו – בועה זו מגינה כבר מאות שנים על אנשי הכוכב. חשדות הצוות מתעוררים כאשר אנשים שהם…

בעת חקירתה של ספינת חייזרים נטושה, חברי צוות ס"ג-1 מאבדים את ההכרה. כאשר הם מתעוררים, הם מגלים כי גופו של דניאל ג'קסון נחטף בידי תודעת חייזרים והם לא מוכנים לוותר…

בנו של טיאלק, רייאק ומורו ברייטאק נשבו בידי הג'אפה. טיאלק מחליט להצילם ונשבה אף הוא. צוות ס"ג-1 הולכים להצילו.

נער מתבגר מופיע במפקדת הסטארגייט בטענה שהוא ג'ק אוניל ושלח את הצוות למשימה לחשוף את זהותו האמיתית.

ההנהגה מעולמו של ג'ונאס מגיעה לכדה"א בבקשה לסיוע – ספינתו של אנוביס נמצאת מעל כוכב הלכת בגלל את הנאקוודריה המצויה בעולמם. על מנת לנצח את הקרב הזה יש לשתף פעולה…

ס"ג-1 מופתעים למצוא את דניאל ג'קסון חי ושלם, אך ללא הזיכרון שלו. אוניל משכנע אותו לחזור איתם אל מפקדת הסטארגייט, שם הוא מצטרף למשימה נועזת להרוס את הנשק החדש של…

הצוות מוצא עולם עני המשועבד על-ידי הגאולד בעל, אבל התוכניות שלהם לשחרר אותו עשויות להיפגע כאשר ג'ונאס חווה חזיונות בלתי מוסברים על העתיד.

בפרק האחרון לעונה, ס"ג-1 נקראים להגן על אנשי אבידוס מן הגאולד בשנית כאשר הם לומדים כי אנוביס, בחיפוש אחר מכשיר רב עוצמה, עומד לתקוף.

פרומתאוס נאלצת לנחות על עולם זר, שם הסטארגייט המקומי הוא הסיכוי היחיד של הקבוצה לחזור הביתה – אם כי האוכלוסייה המקומית מאמינה שהשער הוא רק מיתוס.

מקרה של כמעט מוות גורם לטיאלק לדמיין את חייו שונים מאוד מזה שהוא מכיר, חיים בהם הוא אדם נורמלי החי על כדור-הארץ – עד שהוא לא מצליח להבחין יותר בין…

הצוות מוצא ספינה שהתרסקה על כוכב אחר, אך המאמצים שלהם לסייע לתיקוני הספינה מופרעים על ידי קבוצה של חייזרים.

בפרק לקט מיוחד, גנרל האמונד והפנטגון חושפים את קיומו של הסטארגייט לממשלות עולם אחרות, כעת עליו להגן על העובדה שהתוכנית מופעלת על ידי צבא ארצות הברית.

ס"ג-1 מנסים להציל את תושביו של כוכב עני מניסוי גנטי של נירטי, אבל מוצאים את עצמם כקורבנות הבאים שלה.

קולונל אוניל לכוד על כוכב זר עם מייבורן. כעת עליו להילחם כדי להישאר בחיים בעוד שותפו למסע הופך פרנואידי יותר ויותר.